Internal Transcribe Spacer (ITS)

BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Euphorbiaceae merupakan salah satu famili tumbuhan yang terdistribusi
secara luas. Selain memiliki peran yang sangat penting dalam bidang ekologi,
Euphorbiaceae pun memiliki peranan dalam bidang ekonomi (kayu dan
getahnya), bahan pangan, tanaman hias, dan memiliki manfaat farmakologis.
Salah satu anggota dari famili Euphorbiaceae adalah genus Phyllanthus.
Genus Phyllanthus terdistribusi secara luas di beberapa negara yang berada di
daerah tropis dan subtropis, Kepulauan Indonesia termasuk didalamnya.
Phyllanthus adalah genus yang memiki jumlah anggota yang besar, yaitu
kira-kira 800 jenis (Govaerts et al., 2000)..
Beberapa penelitian mengenai beberapa jenis dari genus Phyllanthus
menyatakan bahwa beberapa jenis tersebut memiliki kemampuan
farmakologis. Radjam & Widjaja (1993) menyebutkan bahwa ekstrak P.
niruri mengandung komponen aktif dengan indikasi khasiat sebagai diuretika,
hepatoprotektor, dan anti infeksi. Pramyothin et al. (2006) menyatakan bahwa
P. emblica mengandung zat anti oksidan dan hepatoprotektor yang sangat
baik.
Penelitian mengenai aspek farmakologis pada Phyllanthus sudah banyak
dilakukan. Namun penelitian mengenai keragaman dan hubungan
kekerabatan antar jenis dalam genus Phyllanthus dan hubungan
1
2
kekerabatannya dengan genus lain dalam famili Euphorbiaceae belum banyak
dilakukan.
Selama ini analisis kekerabatan antar jenis dari genus Phyllanthus masih
terbatas pada karakter morfologi saja, sementara analisis hubungan
kekerabatan secara molekuler masih sangat kurang. Oleh karena itu, studi
hubungan kekerabatan secara molekuler perlu dilakukan sebagai alternatif
untuk menjelaskan hubungan kekerabatan pada taksa yang hubungan
kekerabatannya belum lengkap. Analisis hubungan kekerabatan secara
molekuler pun dapat digunakan sebagai pembanding dan penunjang sistem
klasifikasi yang sebelumnya dilakukan berdasarkan karakter morfologi.
Selain itu, analisis hubungan kekerabatan pada genus Phyllanthus penting
dilakukan sebagai dasar pencarian gen-gen yang berpotensi pada tumbuhan
lain yang berkerabat dekat dengan genus Phyllanthus.
Studi filogenetik merupakan pendekatan sistematika yang didasari oleh
sebuah hubungan pada perjalanan evolusi karakter atau ciri dari setiap
anggota suatu kelompok yang sedang dipelajari (Topik & Pancoro, 2006).
Pada beberapa karya ilmiah studi filogenetik disebut juga sebagai studi
kladistik. Ada beberapa cara menyimpulkan hubungan kekerabatan dalam
studi filogenetik, diantaranya berdasarkan data karakter morfologi dan data
karakter molekuler.
Karakter morfologi sangat mudah dipengaruhi oleh faktor lingkungan,
sehingga rentan terhadap subjektifitas peneliti. Hal ini dapat menyebabkan
hasil anlisis yang berbeda pada beberapa peneliti. Selain lebih objektif, studi
3
filogenetik berdasarkan karakter molekuler memiliki beberapa kelebihan,
terutama dalam menyediakan karakter dalam jumlah besar. Data molekuler
juga cenderung banyak digunakan karena lebih efisien, praktis dan ekonomis
(Taufik, 2003). Beberapa data molekuler yang dapat digunakan dalam studi
filogenetik diantaranya DNA, RNA, ataupun protein.
Pada genom suatu organisme terdapat gen yang ditemukan secara
berulang-ulang, yaitu Nuclear ribosomal dioxyribonuclei acid (nrDNA).
Salah satu unit pengulangan pada nrDNA yaitu daerah Internal transcribed
spacer (ITS). Menurut Baldwin et al. (1995), variasi pada daerah ITS
merupakan salah satu daerah yang cocok untuk digunakan pada analisis
filogenetik dari berbagai tingkatan taksonomi di dalam suatu famili.
Saat ini penelitian dalam bidang sains, terutama biologi dan biokimia
tidak hanya dapat dilakukan secara in vitro dan in vivo. Pendekatan secara
teoritis dalam menangani permasalahan sistem biologis telah dilakukan
beberapa tahun silam. Pendekatan tersebut termasuk pembuatan model dan
sistem simulasi dengan menggunakan rumus-rumus atau prinsip-prinsip dasar
matematika dan fisika. Kerumitan dan kompleksnya sistem biologis coba
dipermudah oleh ilmuwan dengan menggunakan pendekatan tersebut.
Perkembangan metode teoritis tersebut kian meningkat seiring dengan
perkembangan dunia Komputer, baik berhubungan dengan perangkat keras
maupun perangkat lunaknya. Sejumlah mesin telah dikembangkan untuk
memudahkan pencarian metode teoritis dalam aplikasi sistem biologis dengan
arsitektur chip pemroses (prosesor) yang semakin efisien dan bekerja dengan